Dalam rangka meningkatkan pengelolaan keuangan menjadi lebih fleksibel, efisien, efektif, dan akuntabel melalui pola pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum (BLU), Universitas Negeri Papua (UNIPA) melakukan kerjasama dengan Universitas Negeri Yogyakarta. Kerjasama tersebut diaplikasikan dalam penandatanganan nota kerja sama antara kedua belah pihak yang dilaksanakan di Ruang Sidang RKU Rektorat Universitas Negeri Yogyakarta pada Senin, 10 Maret 2014. Pendatanganan MoU tersebut dilakukan Wakil Rektor IV UNY, Prof. Suwarsih Madya, Ph.D. dan Pembantu Rektor IV Universitas Negeri Papua, Ir. YS Budiyanto, M.S. disaksikan para pejabat struktural UNY.
Pembantu Rektor IV Universitas Negeri Papua, Ir. YS Budiyanto, M.S. mengatakan bahwa penandatanganan nota kerjasama ini akan ditindaklanjuti dengan pembicaraan yang bersifat teknis seperti pengiriman staf untuk mendapat pelatihan di UNY menyangkut penjadwalan, penugasan, dan sebagainya. Wakil Rektor IV UNY, Prof. Suwarsih Madya, Ph.D. dalam sambutannya mengatakan bahwa surat perjanjian kerjasama yang telah ditandatangani merupakan pedoman langkah untuk pengembangan Universitas Negeri Papua menjadi BLU. “Dibutuhkan akuntabilitas dan efektivitas tinggi untuk meyakinkan pihak ketiga,” kata Prof. Suwarsih Madya, Ph.D. “Untuk itu UNY akan mengawal BLU UNIPA.”
Universitas Negeri Papua (UNIPA) didirikan berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 153 tahun 2000, tanggal 3 November 2000 dan merupakan pengembangan dari Fakultas Pertanian Universitas Cenderawasih. Diresmikan 28 Juli 2001 oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi atas nama Menteri Pendidikan Nasional, UNIPA memiliki 7 fakultas yaitu Fakultas Pertanian dan Teknologi Pertanian, Fakultas Kedokteran, Fakultas Kehutanan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA), Fakultas Ekonomi, Fakultas Sastra serta Fakultas Peternakan, Perikanan dan Ilmu Kelautan.
Pada tanggal 15 Mei 2002, diterbitkan Kepmendiknas Nomor 111/O/2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja UNIPA. Berdasarkan OTK tersebut selanjutnya dilaksanakan persiapan pembentukan kelembagaan di tingkat fakultas. Peresmian fakultas dan pelantikan para dekan dilakukan pada tanggal 27 Nopember 2002. Ijin pembukaan jurusan dan program studi dilaksanakan secara bertahap mulai tahun 2001. (dedy)